为适应新县城建设发展的需要，2004年8月由县直管的独秀初级中学正式成立并开始招生。
2004年—2005学年独秀初中在独秀小学借校舍开班上课，2005年8月25日迁入新校区。校区占地60余亩，毗邻独秀大道，与怀宁中学隔路相望。校园布局简洁、严谨。贯穿东西的一条大道把校园分成学习、活动两个区域。南方以体育场为中心，是学生课外体育活动的场所；容纳56个教学班气势恢宏的教学楼与集各种功能为一体的现代化科教楼T型坐落于西北两侧，犹如巨人的双臂呵护着来自各地的学子。校园内翠树、鲜花、绿草、山石、凉亭错落有致，格调高雅，环境宜人。
学校以“明德、乐学、健康”为校训。在陈洁明校长领导下，为学生终身发展奠基的办学理念贯穿学校的每一项工作，全体教职工形成了“团结、务实、高效、创新”的工作作风，以敢立潮头，竞出风流的敬业精神，执着追求“创一流质量、促进学生成长、让家长放心、令社会满意”的目标，在“名生—名师—名校”的办学道路上锐意进取，阔步前进。
五年来，学校致力于改善办学条件的同时，竭力打造一支高素质的教师队伍。在县教育局教研室的支持帮助下，学校教学教研处从实际出发，脚踏实地，搭建教学教研平台，推进校本研修，开展课题研究，积极开展教育科研，形成了富有成效的教育教学特色，获得了丰硕的教学教研成果。多人多次的教研论文在省、市刊物上发表，多人多次在省、市、县教学论文评比中获得一、二等奖，多人多次在市、县优质课评比中获得一、二等奖。学校师资水平有了较大的提升，现拥有42个教学班，学生2820人，教职工124人，其中高级教师13人，中级教师41人，本科学历82人，教育硕士1人，县级学科带头人7人，市级学科带头人4人，省级教坛新星1人。
五年来，学校全面推进素质教育，成绩显著。连续三年中考，省示范高中录取率全县第一；县教研室教学质量抽测评估，居全县第一等次；2008年12月在县教育督导评估中，学校以高分通过。在省、市、县各级举办的各类学生竞赛活动中，获得一等奖、二等奖有47人次。无论在教室，还是在舞台；无论在学校，还是在社会，独秀学子无不绽放出亮丽的光彩，赢得社会、家长、领导的一致赞誉。独秀初中得到家长、社会各界、领导的肯定。学校先后被评为“县级文明单位” 、“县标兵单位”、“安全管理优胜单位”、“优秀党支部”。2006年学校被定为怀宁县唯一的一所安徽省未成年人思想道德建设“百、千、万”工程试点学校。同年，学校被定为怀宁县“法制学校”及“廉政文化进校园”的试点学校。校长陈洁明获得“安庆市优秀校长”殊荣。