福建中医药大学原名福建中医学院，创建于1958年，是我国创办较早的高等中医药院校之一，是福建省重点建设高校，2010年3月经教育部批准更名为福建中医药大学。
学校设有13个学院（部），2个研究院；有中医学、中西医结合等2个博士学位授权一级学科，17个博士学位授权点，有中医学、中西医结合、临床医学、药学、中药学、护理学等6个硕士学位授权一级学科，46个硕士学位授权点，有中医学、中药学、药学、护理学等4个硕士专业学位类别；有中医学、中西医结合等2个博士后科研流动站；有中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、医学影像技术、食品科学与工程、康复治疗学、信息管理与信息系统、医学实验技术、医学检验技术、海洋药学、健康服务与管理、听力与言语康复学、康复物理治疗、康复作业治疗等22个本科专业。现有全日制在校生1.2万多人，其中研究生1500多人。
学校现有教职医护员工（含四所直属附属医院）3000多人，其中具有高级职称的专业技术人员500多人；拥有1名国医大师、3名全国名中医;拥有一批国家和卫生部有突出贡献的中青年专家、国务院特殊津贴专家、国家级名老中医学术继承人指导老师、全国百名杰出青年中医、全国优秀教师等。
2002年和2007年，学校先后两次在教育部组织的本科教学工作水平评估中获得“优秀”成绩。2010年12月，中医学专业通过教育部试点专业认证。2016年，康复物理治疗（PT）和作业治疗（OT）分别通过世界物理治疗联盟（WCPT）、世界作业治疗联盟（WFOT）国际教育标准认证。2017年5月，中药学专业通过教育部试点专业认证。目前，学校拥有3门国家级精品课程、2个国家级教学团队、4个国家级特色专业、1门国家级双语教学示范课程、1个国家级人才培养模式创新实验区、2门国家级精品视频公开课、3门国家级精品资源共享课、1个国家级专业综合改革试点、2项国家级卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目、1个国家级大学生校外实践教育基地和134项国家级大学生创新创业训练计划项目。在近两届教学成果评选中获国家级二等奖1项，省级特等奖3项、一等奖5项、二等奖9项。
学校有20个国家中医药管理局重点学科。2003年以来，作为福建省重点建设高校之一，学校以学科建设为核心，带动其它相关内涵建设的发展，取得显著成绩。2008年，学校再次被列入福建省重点建设高校。2018年，学校入选福建省“双一流”建设——一流学科建设高校行列，其中中西医结合、中医学两个学科入选福建省A类高峰学科，中药学、护理学、药学三个学科入选福建省高原学科。
