1937年底，日军占领南京前夕，黄埔军校迁到成都，一直到国民党败退出大陆前没再变更校址，历时长达11年。除短训班外，有10期学员毕业于成都，是该校在大陆培训学员最多、校址未变时间最长的一个时期，也是该校在大陆培训学员的最后一个时期。
国民党在成都设立军校，最早是在1935年，称谓黄埔军校成都分校，成立于同年10月1日。由黄埔军校本校原教育处长李明灏为分校主任，彭武扬为副主任。1936年4月15日正式开学，1938年1月改称黄埔军校第三分校。
1937年底，国民党政府从南京大撤退，黄埔军校校本部也紧急撤离西去。11月11日，黄埔军校第十三期入伍生于庐山举行升学典礼，共1446名，为第十三期学生第一总队。会同刚入伍的第十四、十五两期学员，经过几个月的行军，途经江西、湖南、湖北，进入四川，到达铜梁，行军2000余公里。在铜梁整训将近一年，在校学员为第十三期第一总队、第十四期第一、第二总队和第十五期第一总队。1938年9月16日，第十三期学员毕业，计有1412名。11月，第十四期第一总队毕业，计有669名学员。1939年9月，第十四期第二总队学员毕业，计有1510名。}
1939年初，军校迁至成都市区，原有成都分校，即第三分校并入本校(3月，改设第三分校于江西瑞金)。在成都分校的基础上，扩编政治部，增设军官教育队，恢复原高等教育班，加设了战术研究班、校尉官研究班、射击训练班、技术训练班、特务长训练班等，军事教育趋于完善。校址的调整：将原成都分校北较场旧址改为校本部，学员总队则分驻西较场、南较场、皇城遗址及市西郊草堂寺、青羊宫等地。校务委员作了调整：除原有人选外，又增加了唐生智、程潜、白崇禧、邓锡侯、龙云、余汉谋、陈诚、张治中等八人。
军校自迁成都后，先后进行了一些较大的行政机构和人事调整。将原撤销的学生总队分别又在第十六、十七、十八等期重新建立。1943年，教育长陈继承调走，由陆军大学教育长万耀煌继任。1944年春，军校曾代训两期青年远征军教导团学员。1945年秋，又撤销总队制。为方便管理，按照各总队地址分为四个督练区，各设督练官一人，负责转达校部命令及教学事宜。不久，日本战败投降，中国抗日战争结束，国民党军队裁员。各分校相继合并裁减，所有在校学员依肄业时间分别结束或转入各兵科学校，并选送一些优秀者进成都本校，前后达3000余人。1946年元旦，军校由南京时期“中央陆军军官学校”改名为“陆军军官学校”，确定培养对象是国民党基层干部。2月，以第二十期学生为各兵科普及教育实验区，开始试行各兵科的综合教育。4月中旬，原教育长万耀煌调往湖北，由关麟征继任教育长。关是黄埔一期生，在东征中负伤后仍英勇奋战，共产党人主办的《中国军人》杂志曾为此事赋诗称赞过，关因此很快出名，后青云直上。在1947年冬以前，军校校长一直由蒋介石兼任，此后，由关麟征继任校长。并恢复总队制。1949年9月7日，关调任国民党陆军总司令。9月20日，黄埔一期生张耀明继任校长。