南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。2015年9月，获准成为首批教育部、国家卫生计生委与省政府共建医学院校。
学校设有19个学院（部）和1个独立学院——康达学院。在江苏、上海、浙江、山东等地拥有24所附属医院和50多所教学医院。学校现有在职教职工1700多人，其中学校编制专任教师853人。有教授188人、副教授252人，有博士生导师587人、硕士生导师2014人（含附属医院）。学校现有中国工程院院士1名，美国国家医学院外籍院士1名，“长江学者”特聘教授3名，“长江学者奖励计划”青年学者2位，国家“万人计划”百千万工程领军人才1人，国家“千人计划”9人，国家杰出青年科学基金获得者8人，优秀青年基金获得者11人，国家级教学名师1人，入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”7人，“国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。学校是江苏省高层次人才培养计划——“333工程”培训基地。
学校现有一级学科博士学位授权点8个（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学、生物学）、二级学科博士学位授权点50个、3个交叉学科博士学位授权点（人文医学、临床医学工程、健康政策管理）；一级学科硕士学位授权点12个、二级学科硕士学位授权点73个；博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、28个国家临床重点专科、2个江苏省一级学科重点学科、3个江苏省一级学科重点培育学科。在全国第四轮学科评估中，我校公共卫生与预防医学在全国54所参评高校中获评A+等级。临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学和毒理学、免疫学、一般社会科学7个学科进入ESI全球排名前1%。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。
学校设有26个本科专业和3个“5+3”本硕一体化专业。目前，在校生总数为1.5万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。
学校现有1个国家重点实验室、1个国家级国际联合研究中心、4个部级重点实验室、20个省级重点实验室（工程中心）。“十二五”以来，学校的科研水平不断跃升，承担了多项国家“863”、“973”项目，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子均明显增长。2017年，我校获得299项国家自然科学基金项目，项目数位居独立设置医科大学第1位。连续多年被评为“江苏省科技工作先进高校”。
