镶嵌在龙高半岛福清湾突出部的一颗璀璨明珠--龙田镇，是福建省的一个沿海大集镇。福清第三中学就坐落于这个镇的东北端。110年来，学校与祖国共沉浮，同命运，走过艰难而曲折的道路，历经创始、发展、新生、昌盛、挫折、恢复、腾飞七个阶段，成为福清市培育人才的一个摇篮而享誉于海内外。
一、创始（1892-1906）
福清第三中学的前身创建于清代光绪十八年（1892年），系牧师方鲍参根据光绪十七年（1891年）基督教（新教）美以美会福州年议会的决定而创建的一所教会学校（Mission school）。创始之初，在福清县城租赁民房权充校舍，一切设备因陋就简，名为福清培元书院，学生16人。吴和亭先生教授功课，称为“西席”。其时，各国教会在华传教办学，赁借西方列强在鸦片战争后与中国缔结的不平等条约，有着合法的权利；而基督教在中国办学已有了60多年的历史。他们自行建立独立的教育行政机构，拟定教育法规，设置视导人员，管理和监督教会学校行政和教学工作。福清培元书院创办之后，在行政上隶属于福州美以美会教育部，在经费上主要由美国美以美会总布道部提供有限的款目维持办学。
光绪二十一年（1895年），牧师余修意在海口教堂与美国传教士李承恩相商后，报美以美会福州年议会备案，在牛田（即龙田）借用“美会堂”分设培元书院（培元斋），聘请吴鸿孙先生授课，以便利生童学习。翌年，福清培元书院撤消，师生合并于龙田培元书院。光绪二十五年（1899年），书院因经济支绌且福清地区鼠疫盛行，势将闭歇。当此时，美国传教士蔚利高（后曾代理半年院长）出于巩固这所教会学校的目的，捐助了一笔资金，使培元书院得以继续设办。
该校创始阶段的培元书院，是当时福清县唯一的一所西式中等学校。在这个意义上，培元书院的创建代表着福清县近代中学教育的开始。培元书院共历15届（1892-1906年），累计学生人数共450人。不少学生毕业后从事宗教活动，充任宣教师（如郭绍祺、施宗荫等），薛嘉音、余其明等校友曾参加过辛亥革命活动。培元书院创建之初，由美以美会福州年议会委派方鲍参牧师首任院长。方鲍参院长字省吾，号二希，咸丰四年（1854年）出生于惠安县鼎模村，少迁玉融，遂隶福清籍。一生任牧师职四十余载，传教布道不遗余力。在培元书院阶段，邑人牧师余修意、美国传教士柯志仁（H.R.Caldwell）亦担任过院长，牧师魏香谷、何调友曾一度代理院务。