洎乎戊戌维新，朝野变政，学士废鸿胪之第，人才冶鴂舌之炉。吾邑中学堂，初假宋玮之遗基，旋徙报资之古刹。杏坛化雨，鹅湖之讲席先开;芦荻春风，羊石之誉髦悉萃。---摘自半边亭中的《捐建右泉书楼碑铭》
这段来自于见证南海中学办学百年的“镇校之宝”，镶嵌于半边亭中的碑铭，记载着南海中学的起源。它记载着在清朝末年戊戌变法后，西学东渐之风日盛，有志之士要求废除科举之呼声日急，民间兴起办新式学校之风，培养新式人才成了不可阻挡的潮流。在此潮流下，1904年，在这个当时还分属于南海和番禺二县管辖的地区，南海士坤在原西湖书院的基础上办起了南海官立简易师范学堂——这就是南海中学的开端。1907年，学校更名为南海中学堂。又过了三年，校舍搬迁至现在的广州金华街芦荻巷，在一座名为“报资古刹”的古庙安了家。这可谓南海中学堂的第一代校园，也成为了南海中学现今的西华路460号的校址。到了1912年，学校正式命名为南海中学，据当时史料记载，这也是当时南海县最早创办的中学。如碑铭所言：“杏坛化雨，鹅湖之讲席先开;芦荻春风羊石之誉髦悉萃”，南海中学堂开了广州新式教育的先河，作为广州第一批新式学校之一，更由于当时人才之鼎盛，造就了学校成为30年代全国八大模范中学之一，更被当时的国民政府拟办成广东省第一所实验学校，当时广州还有“国文、英语推南中”的评价，由于文科出色，更有人称誉学校“楼外书声连北极，域中文采耀南天”。
学校强化质量立校意识，以办好人民满意教育为目标，围绕目标抓管理，围绕课堂抓优化，围绕人本抓发展，着力学生健康发展，着力构建有效课堂。在学生教育上，学校高度树立“学生学业上的缺陷不一定影响他一生，而人格缺陷则贻害他一辈子”的认识，强化德育教育，从高一阶段就注意培养学生良好的学习与行为习惯，坚持保障学生每天“阳光体育活动”一小时，坚持培养学生形成每天中午睡眠一小时习惯，注重学生心理调节，确保学生健康成长。在课堂教学上，重视高效课堂，深化教学过程管理，坚持不晚修，严控作业布置，抓实教学质量，让更多的学生圆了他的“本科梦”。
扎实有效的工作，大力推动了学校的跨越式发展，高考成绩三年三台阶，三年三跨越，本科率从2010年的49%飙升至2012年的75%。其中学校美术术科班的本科率则从2010年的40%上升至2012年的68%，为我国高等院校培养了众多不同类型的人才。学校更以优异的加工能力被上级部门昵称为“本科专业户”。