“琼台书院”第一次更名是在清光绪二十八年（公元1902年），当时由康有为、梁启超等发起的维新运动已结束4年多，清王朝接受张之洞、刘坤一“取消 各地书院、祠庙”的新政建议，由琼州知府刘尚伦将“琼台书院”改制为提倡西学的“琼州府中学堂”，添请算术、洋文教员分科讲授。由于科举残余一时不易更 改，新学教师又难于聘请，因此当时的课程既有八股科目又有西学数理化、图音体等课程。
1906年更名为广东省省立“琼崖中学”，完成书院向学校的转轨。
1920年9月，奉广东省教育委员会令，琼崖中学改为广东省立第六师范学校，是海南地区第一所省立师范。
抗日战争期间，琼台书院为躲战乱，曾数次迁往琼山东山镇苍苑村、广东湛江、化县、韶关等地坚持办学，更名为“琼崖联合中学”，成为“流动学校”。
1951年命名广东琼台师范学校，文革”期间停办五年。1976年重新挂牌更名为“广东琼台师范学校”；1988年海南建省后改名为海南琼台师范学校。
2历尽沧桑琼台书院于乾隆年间及其后屡经重修和扩建。正当中砖木结构的二层古楼叫“奎星楼”，它是当年的课堂。中梁上悬挂的“进土”匾，是当年这里的高才生张日旼中进士时朝廷所赐（张日旼：乾隆元年丙辰中进士，金德瑛榜，曾任云南宜良、新平县知县，署路南州知州）。奎星楼前的石碑，记载了当年修建琼台书院的经过。楼内的雕梁画栋，体现着中华民族古老文明的建筑风格。琼台书院曾经是海南历史上的最高学府，它是清代海南读书人登科入仕的重要阶梯，培养了大批人才。
学府的常设执教由道台从德高望重和学识渊博的进士或举人中聘任。著名的粤剧、琼剧《搜书院》的故事就发生在此。当时，书生张日旼和琼州府镇台的婢女产生爱情，镇台震怒严惩婢女，婢女逃进书院求救，镇台派人追至，书院掌教谢宝仗义执言，门前挡驾，并机智地乘夜将婢女送出城外，使张日旼与婢女终成眷属。琼台书院随着《搜书院》而蜚声海内外。
现在，书院新建气势壮观的彩绘门楼，魁星楼厢房还有书院的文物展出，来清康熙四十四年（公元1705年），琼台书院创建于现海南琼台师范学校地址。清末维新变法，废除科举，提倡西学，书院遂改制为中学堂，附设师范班，后改办师范。
琼台这所三百年老堂在风雨的冲刷中蹒跚举步，期间虽几经劫难，历尽沧桑，，然三百年来书声不断，一路风雨一路歌，在战火的洗礼中顽强成长，在和平的环境中发展壮大，在改革的大潮中不断成熟。三百多年来随社会的变迁而变迁，虽然，朝代更迭，但琼岛独芳，这里是海南教育的殿堂，无论是清代明风教化，民智启发，科举人才培养，还是民国时期对海南教育事业的贡献，其成绩之卓著，地位之突出无可比拟。琼台人才辈出，曾长期是海南最高学府，新中国成立后，特别是海南建省为特区以来，琼台得到了超常的发展。